La définition de biodiversité retenue par la Convention sur la Diversité Biologique (1992) est l’ensemble des « formes de la vie sur Terre et les caractéristiques naturelles qu’elle présente ». Cette diversité couvre tous les niveaux d’organisation : gène, espèces, populations et leurs interactions, ainsi que l’ensemble des écosystèmes de la biosphère, y compris agricoles. La biodiversité étant en forte réduction du fait de l’activité humaine, sa conservation est un des enjeux majeurs du XXI^e siècle.

La conservation de la biodiversité implique une multitude de savoirs et d’activités (de la biologie au droit, de l’économie à la politique, de l’agriculture à la consommation) et englobe toutes les sphères de la société. En agriculture, différentes techniques se développent pour assurer le maintien des ressources génétiques, y compris les formes de vie dites sauvages, nécessaires au maintien des écosystèmes et à la fourniture des services écosystémiques qu’ils sont susceptibles de produire. Préserver la biodiversité permet en effet de garantir les services socio-culturels, d’approvisionnement, de régulation et de soutien.

A l’échelle de la parcelle, diverses pratiques comme les assolements et rotations complexes, les cultures associées, les couverts végétaux pérennes,  les prairies semées à flore variée et l’élevage pâturant, contribuent à accroitre la biodiversité planifiée. A l’échelle d’écosystèmes agricoles plus complexes, certaines activités de production comme le maintien de prairies naturelles, l’agroforesterie ou l’agro-sylvo-pastoralisme, mais aussi l’implantation de haies composites et de bandes enherbées, contribuent à la formation d’infrastructures agroécologiques, favorables à la biodiversité associée. L’utilisation de variétés populations comme des races locales contribuent de même à la conservation in-situ de l’agrobiodiversité (par opposition aux techniques ex-situ comme la réserve mondiale de graines du Svalbard ou les cryobanques). Elle favorise de plus la conservation des savoir-faire traditionnels.

La conservation de la biodiversité dans les agroécosystèmes est un des piliers de l’agroécologie et du développement durable. Elle est indispensable au bon fonctionnement des écosystèmes cultivés comme naturels ainsi qu’à la souveraineté alimentaire des populations.