La biodiversité associée et la biodiversité planifiée sont les deux composantes de la biodiversité dans les agroécosystèmes. La biodiversité associée est la part de la biodiversité qui colonise naturellement un une parcelle via l’environnement proche. Elle inclut tous les organismes (bénéfiques, neutres comme nuisibles) présents, de manière ponctuelle ou continue, dans les champs cultivés et les habitats semi-naturels adjacents.

Les pratiques agricoles appliquées sur l’exploitation et les exploitations voisines déterminent la quantité de ressources disponibles pour la biodiversité associée (sources de nourriture et habitats). Cette part de la biodiversité va donc évoluer dans l’espace et dans le temps. La biodiversité associée peut être considérée sous deux aspects :

• La biodiversité fonctionnelle (bénéfique ou nuisible) se réfère à la diversité des organismes et des services écosystémiques, ou des dommages, qu’ils génèrent ;
• La biodiversité réactive est la diversité des réponses des espèces face à un changement environnemental, réponses qui permettent le maintien du fonctionnement de l’agroécosystème.

Les vers de terre illustrent bien ces deux aspects : certains décomposent les matières végétales mortes alors que d’autres participent plutôt à la structuration du sol, ils apportent donc différentes fonctions. Les mille-pattes participent eux aussi à la structuration du sol, mais réagissent différemment aux perturbations du milieu, ils enrichissent donc la biodiversité réactive. Un agroécosystème riche en biodiversité fonctionnelle et surtout réactive, sera plus résilient face aux perturbations qu’un agroécosystème pauvre en biodiversité associée.

La prise en compte de la biodiversité associée dans les pratiques agricoles, optimise les services écosystémiques dans un agroécosystème. Ces pratiques alternatives, en se substituant en tout ou partie à l’utilisation de certains intrants chimiques, répondent aux principes de l’agroécologie. A l’inverse, les principes agro-industriels cherchent le contrôle maximal, par voie exogène, de la biodiversité planifiée et la réduction de la biodiversité associée dans l’agroécosystème. En effet, la gestion de la biodiversité associée est complexe et est une source potentielle d’aléas (dégâts possibles).