La santé d’un agroécosystème correspond à sa capacité à développer et auto-entretenir la production d’une diversité de services écosystémiques. Cette façon de qualifier un agroécosystème s’inscrit en général dans une perspective agroécologique de développement de systèmes agricoles durables.

Un agroécosystème sain est un système agricole ayant trouvé un équilibre entre stabilité et résilience : c’est-à-dire un système capable, selon la situation dans laquelle il se trouve, de maintenir une forme de continuité dans son fonctionnement et de se ré-organiser face à des perturbations importantes pour rétablir ses fonctions premières (fonctions productive, paysagère, sociale…). Les propriétés d’un système agricole en bonne santé sont sa capacité à renforcer son autonomie (autonomie de décision, affranchissement de l’usage des fertilisants, des pesticides et de l’énergie) et sa capacité à maximiser les processus écologiques qui sous-tendent la production de services écosystémiques. Ce concept a été décliné différemment par la communauté scientifique depuis sa naissance dans les années 90. D’un côté, il est utilisé pour décliner des indicateurs de suivi et d’évaluation de la santé des agroécosystèmes à l’échelle du paysage agricole, de manière à modéliser des scénarios de changement. De l’autre, certains auteurs revendiquent la nécessaire implication des gestionnaires de ces systèmes, dont les agriculteurs, dans la construction des indicateurs de suivi et d’évaluation afin qu’ils s’en saisissent et aient un sens localement, dans leurs actions quotidiennes et qu’ils deviennent eux-mêmes acteurs du maintien de cette santé. Cependant, le manque de connaissances encore important sur le fonctionnement des agroécosystèmes, et les difficultés à développer des recherches participatives efficaces autour d’enjeux complexes rendent ce concept assez peu opérationnel à ce jour.