Appliquée aux productions végétales et animales, la prophylaxie consiste à développer et utiliser un ensemble de pratiques pour prévenir l’apparition de problèmes sanitaires, souvent d’origine multifactorielle.

En production végétale, la prophylaxie, pierre angulaire de la protection agroécologique des cultures, vise à prévenir le développement de maladies, de ravageurs et d’adventices, grâce à des leviers d’ordres physiques, chimiques, (micro)biologiques et/ou génétiques, qui peuvent être combinés entre eux. Ils peuvent agir directement à l’encontre des bioagresseurs ou chercher à mieux utiliser l’agrobiodiversité bénéfique (auxiliaires des cultures), pour perturber leur cycle biologique. Parmi ces leviers, les plus mobilisés par les agriculteurs sont par exemple la rotation des cultures, la lutte (micro)biologique, l’emploi de variétés résistantes, le tri des semences, le nettoyage du matériel.

La prophylaxie est également un des piliers de la gestion intégrée de la santé animale et de la prévention des maladies. Elle s’inscrit dans une démarche holistique, qui recherche la réduction des risques et la stimulation de l’immunité individuelle et collective des animaux. La prévention considère les différentes causes d’apparitions des maladies : vecteurs de transmission, conditions d’élevage (logements, densité populationnelle, alimentation, microbisme etc.) dans le respect de la santé mentale des animaux pour assurer leur bien-être. La biosécurité et les bonnes pratiques d’hygiène en élevage visent à prévenir le développement d’agents pathogènes sans dégrader le développement des microorganismes bénins et bénéfiques. L’apparition des maladies transmissibles peut être prévenue via la vaccination, le dépistage et/ou l’isolement des congénères malades. Les maladies non transmissibles, comme les problèmes d’aplombs, sont générées par une évolution du mode de production. Il est possible d’améliorer le milieu de vie ou encore de privilégier des animaux présentant des caractères de robustesse et/ou de résistance/tolérance aux maladies, soit par le choix de races plus rustiques, soit par la sélection génétique des populations.

La prophylaxie s’inscrit dans le développement d’une agriculture durable basée sur des systèmes plus flexibles car plus anticipatoires, et mobilisant des pratiques en lien avec l’agroécologie.