La gestion intégrée de la santé animale consiste à combiner des actions de prévention et de soin aux animaux préférentiellement sans recours aux médicaments (particulièrement antibiotiques ou antiparasitaires) et, lorsque le recours aux médicaments se révèle nécessaire, à n’utiliser que des traitements ciblés (molécules spécifiques du(des) agent(s) pathogène(s) identifié(s), aux doses préconisées, seulement sur les individus affectés et en respectant la durée de traitement définie par le vétérinaire. Elle englobe l’ensemble des connaissances et pratiques mobilisées par l’homme de manière coordonnée afin d’établir l’équilibre du système biologique (animal et troupeau dans son environnement) et/ou de récupérer cet équilibre s’il a été perturbé. La gestion intégrée de la santé peut être vue comme une déclinaison opérationnelle de l’écopathologie qui est plus orientée vers la  compréhension de la multiplicité des causes des maladies.

Pour éviter l’apparition des troubles psycho-sociaux, il convient de respecter le rythme journalier des animaux et de leur laisser la possibilité d’exprimer les comportements propres à leur espèce (bondir, battre des ailes, ronger, se cacher…suivant les espèces) et d’avoir des interactions sociales appropriées (vie en groupe pour les animaux grégaires, relations mères-jeunes, respect de la hiérarchie…). Pour éviter l’apparition des maladies, on peut agir sur la prophylaxie (hygiène, vaccination) et le milieu de vie des animaux (sol, logement, ambiance d’élevage, température…) de façon à éviter les blessures et le contact avec les agents pathogènes. On peut également choisir des animaux plus robustes (type génétique) et proposer une alimentation adaptée aux besoins des animaux et favorisant la santé (nutriments, pré- et probiotiques, extraits végétaux).

Tirer parti de la biodiversité et stimuler les capacités d’adaptation des individus pour améliorer leur résistance pendant des périodes sensibles sont des exemples de principes de l’écologie qui peuvent être mobilisés pour raisonner la gestion intégrée de la santé des animaux domestiques.