L’écopathologie est une démarche d’investigation systémique de la santé en élevage, qui consiste à étudier les pathologies des animaux d’élevage dans leur environnement, afin d’en établir les causes et d’en identifier les facteurs de risques.

En écopathologie, le troupeau et sa gestion sont représentés comme un écosystème, au sein duquel les maladies du troupeau sont considérées comme des produits du système, au même titre que les produits animaux. La santé constitue alors un indicateur du fonctionnement global du système. L’approche écopathologique consiste à établir les causes multi-factorielles des maladies à l’échelle du troupeau, en s’intéressant à son environnement d’élevage ainsi qu’aux pratiques de l’éleveur, telle que la gestion de l’alimentation des animaux. Elle permet une approche préventive de la santé animale. Certains auteurs rapprochent écopthatologie et agroécologie en proposant l’étude de la santé des agroécosystèmes comme cadre d’action élargie de l’écopathologie à l’échelle des systèmes agricoles.

L’écopathologie a été développée en France à partir des années 70, suite à un constat d’inefficacité des démarches d’investigation vétérinaires classiques pour comprendre et contrôler les maladies affectant la production dans les élevages intensifs. Dans les années 80-90, les chercheurs du Centre d’écopathologie animale de Villeurbanne ont mis en place des approches plus participatives, basées sur des groupes de recherche inter et transdisciplinaires, afin de mieux répondre aux questionnements des éleveurs et de prendre en compte la diversité des savoirs pertinents (scientifiques, techniciens, éleveurs) tout au long du processus de recherche-développement.

Une des limites au développement de l’écopathologie scientifique est la lourdeur des dispositifs d’enquête à mettre en place, qui nécessitent un suivi et un investissement sur le temps long. De plus, les approches  interdisciplinaires et participatives développées dans les années 80 ont eu du mal à trouver leur place dans l’univers académique des disciplines scientifiques françaises. Aujourd’hui les méthodologies et les concepts de l’écopathologie sont mobilisés à différents niveaux dans les sphères de la recherche agricole et vétérinaires (zootechnie des systèmes d’élevage, épidémiologie, santé des écosystèmes) et du développement (collectifs vétérinaires et organisations de vétérinaires-éleveurs développant des approches préventives).