La biodiversité fonctionnelle désigne l’ensemble des espèces qui contribuent à des services écosystémiques dans un agroécosystème. Autrement dit, c’est la biodiversité utile aux agriculteurs. Elle offre des bénéfices qui peuvent être valorisés par l’agriculteur en aménageant le milieu. L’intérêt est d’accroître la production tout en limitant les interventions au champ. Une meilleure santé des sols et des plantes favorise un écosystème plus résilient.

Chaque écosystème est constitué d’une multitude de « petits ouvriers ». Par exemple, la décomposition de la matière organique est effectuée autant par les micro-organismes que par les macro-organismes. Leurs passages dans le sol améliorent la structure du sol, favorisant l’enracinement des plantes. Un paillage du sol permet l’apport de nutriments nécessaires aux décomposeurs. Il retient également l’humidité dans les sols et offre donc un milieu plus favorable aux vers de terre. Aussi, des aménagements comme des haies, des zones herbeuses, ou des lisères permettent d’offrir un abri aux ennemis naturels de certains bioagresseurs des cultures. Il est possible d’installer des plantes autour de la culture, comme par exemple l’inule visqueuse dans les oliveraies. Cette plante attire des parasitoïdes de la mouche de l’olivier jouant ainsi un rôle indirect dans la régulation de ce bioagresseur. L’Homme peut perturber le bon développement des organismes bénéfiques en dégradant la qualité de ces aménagements (modification de la composition floristique, pollution par des pesticides). L’adaptation de ces aménagements est donc primordiale pour ne pas nuire aux services rendus par la biodiversité fonctionnelle.

La biodiversité fonctionnelle est ainsi une composante importante des démarches agroécologiques. L’agriculteur peut en bénéficier en valorisant les interactions entre la faune et la flore au sein d’un agroécosystème. Cependant, les mécanismes derrière les services écosystémiques sont complexes et font l’objet de recherches, surtout sur la compréhension des réseaux trophiques.