L’autofertilité définit un sol capable de maintenir de lui-même sa fertilité, c’est à dire la facilité avec laquelle une plante, via ses racines, peut bénéficier dans ce sol des différents facteurs de croissance végétale, en quantité suffisante. L’autofertilité d’un sol dépend de son activité biologique, impactant l’autofertilité physique et chimique.

Un sol autofertile est un sol dont la structure garantit en continu un bon enracinement et de bons échanges gazeux et hydriques. Ces trois points sont construits et maintenus par l’activité biologique des sols (vers de terre, racines, micro-organismes …). De la même manière, un sol autofertile chimiquement maintient les ressources chimiques nécessaires aux plantes en quantité et qualité. Il est nécessaire que le sol ait une quantité suffisante de matière organique pour la minéralisation primaire et secondaire, assurées par l’activité d’organismes décomposeurs puis minéralisateurs. L’activité biologique des sols est donc un élément central dans l’autofertilité des sols.

L’autofertilité des sols est un but poursuivi en agroécologie, afin d’améliorer l’autonomie des exploitations par rapport aux intrants. Dans le cas de l’utilisation agricole des sols, l’autofertilité dépend d’une part du bouclage des flux de matière par le retour au sol des éléments exportés (fumier, compost, digestat…), et d’autre part de la conservation de la structure du sol.  Le non travail du sol apparaît aujourd’hui comme un levier important favorisant, dès lors que la teneur en matières organiques est suffisamment élevée par rapport à celle en argiles, l’autofertilité des sols, en évitant les perturbations de l’activité biologique. La surface du sol importe aussi. Un sol nu est impacté par les intempéries, affectant sa fertilité chimique et physique (battance, ruissellement, baisse du recyclage des éléments minéraux…). A l’inverse, un sol protégé par des résidus de culture et/ou par un couvert vivant tend à maintenir sa fertilité.

La terminologie « fertilité endogène des sols » est souvent préférée au terme autofertilité, car plus explicite. Elle permet de faire la différence avec la notion de fertilité exogène des sols, qui caractérise aujourd’hui la plupart des sols agricoles ( les sols sableux des Hautes Landes sont capables de rendements très élevés à condition que l’alimentation hydrominérale des cultures soit presque totalement assurée par des apports extérieurs). Il est important de préciser que dans les deux cas, cette fertilité est soit naturelle, soit créée (ou améliorée) par l’agriculteur.