Die Bioökonomie umfasst sämtliche wirtschaftlichen Aktivitäten, die unmittelbar auf einer schonenden Nutzung biologischer Ressourcen basieren. Unter biologischen Ressourcen werden die biotischen Faktoren von Ökosystemen verstanden (Biomasse, Organismen oder Populationen). Ihre Erzeugung basiert auf Ökosystemfunktionen. Biologische Ressourcen stellen Energie- und Stoffreserven dar, die innerhalb menschlicher Zeithorizonte erneuerbar sind und schliessen somit fossile oder nukleare Energieträger aus. Stoffwechselprozesse und Photosynthese bilden die Grundlage für die von der Gesellschaft genutzte und akkumulierte Energie sowie Materialien und sind damit zentrale Pfeiler der Bioökonomie.

Ein Grundprinzip der Bioökonomie besteht darin, den Einsatz erneuerbarer Bioressourcen möglichst zu maximieren. Die Bioökonomie umfasst die zielgerichtete Nutzung (Konsum, Verarbeitung, Handel oder Produktion) dieser Ressourcen unter Berücksichtigung der Belastungsgrenzen von Agrarökosystemen. Zu diesen Grenzen gehören etwa Regenerations- und Reproduktionsgrenzen von Organismen und Populationen, Aufnahmekapazitäten, Resilienzschwellen sowie die Endlichkeit menschlicher Bedürfnisse. Dies zeigt sich insbesondere in der Einführung einer Kreislaufwirtschaft in der Landwirtschaft. Die Kreislaufwirtschaft umfasst dabei die Verwertung von Nebenprodukten, das Recycling von Abfälle nund die Optimierung von Energieströmen.

Agrarökologische Praktiken, die auf die Förderung biologischer Vielfalt abzielen und sich auf biophysikalische Prozesse stützen, sind integraler Bestandteil der Bioökonomie. Darüber hinaus trägt die Agrarökologie insgesamt zur Bioökonomie bei, da die von ihr für die Gesellschaft bereitgestellten Bioressourcen mit einem starken Verständnis nachhaltiger Entwicklung oder auch mit Degrowth Konzept (Postwachstum) vereinbar sind. Die Bioökonomie ist dann agrarökologisch, wenn die Nutzung (und nicht die Ausbeutung) lebender Organismen darauf abzielt, die Struktur und Funktionsfähigkeit von (Agrar-) Ökosystemen langfristig zu erhalten.